Last week I got this question asked:
"... I might as well ask if you know of a source of
peak identification for typical Arabidopsis rosette polar compounds derivatized
to typical MeOX/TMS forms (sugars, organic acids, amino acids, etc. obtained
from a typical MeOH/H20 extraction)? I am trying to identify the most abundant
polar compounds (top 100 or so) in Arabidopsis leaf tissue but I have limited
access to standards and I am sure this has already been done. Here is what I
would ideally need: a list of the most abundant compounds in their elution
order on a ms5 column or similar with spectra. Any idea if such a list can be
found on the GMD site or elsewhere?"
I took the identified analatyes from the experiment
(see metabolite profile) and added the retention idexes. Null problemo!
cheers
Jan
| Analyte |
Metabolite |
RI relative to alkane homologes on
5%-phenyl-95%-dimethylpolysiloxane capillary column |
| Boric-acid_3TMS |
Boric-acid |
971.63 |
| Propane-1,2-diol (2TMS) |
Propane-1,2-diol |
988.00 |
| Decane, n- |
Decane, n- |
1000.00 |
| Siloxane |
Siloxane |
1021.01 |
| Pyridine, 2-hydroxy- (1TMS) |
2-Hydroxypyridine |
1031.31 |
| Lactic acid (2TMS) |
Lactic acid |
1044.47 |
| Glycolic acid (2TMS) |
Glycolic acid |
1062.89 |
| Hydroxylamine (3TMS) |
Hydroxylamine |
1104.93 |
| similar to Cyclopentasiloxane, decamethyl |
Siloxane |
1117.07 |
| NA114002 (classified unknown) |
|
1131.09 |
| Furan-2-carboxylic acid (1TMS) |
Furan-2-carboxylic acid |
1133.08 |
| Pyridine, 3-hydroxy- (1TMS) |
3-Hydroxypyridine |
1136.97 |
| Benzylalcohol (1TMS) |
Benzyl Alcohole |
1152.05 |
| D116201 |
|
1161.89 |
| Proline (1TMS) |
Proline |
1176.03 |
| NA |
|
1189.63 |
| Dodecane |
Dodecane |
1200.00 |
| Valine (2TMS) |
Valine |
1207.10 |
| similar to Pentasiloxane, dodecamethyl |
Siloxane |
1208.14 |
| Diethylenglycol (2TMS) |
Diethyleneglycol |
1236.16 |
| NA |
|
1238.20 |
| Benzoic acid, (1TMS) |
Benzoic acid |
1250.39 |
| Ethanolamine (3TMS) |
Ethanolamine |
1259.94 |
| Phosphoric acid (3TMS) |
Phosphoric acid |
1261.98 |
| Glycerol (3TMS) |
Glycerol |
1262.29 |
| Siloxane |
Siloxane |
1285.28 |
| Isoleucine (2TMS) |
Isoleucine |
1286.54 |
| Threonine (2TMS) |
Threonine |
1290.45 |
| Nicotinic acid (1TMS) |
Nicotinic acid |
1301.80 |
| Glycine (3TMS) |
Glycine |
1302.68 |
| Succinic acid (2TMS) |
Succinic acid |
1310.65 |
| Glyceric acid (3TMS) |
Glyceric acid |
1319.94 |
| NA133011 |
|
1332.25 |
| Fumaric acid (2TMS) |
Fumaric acid |
1346.94 |
| NA |
|
1386.00 |
| NA |
|
1410.42 |
| NA |
|
1420.25 |
| Aspartic acid (2TMS) |
Aspartic acid |
1422.39 |
| NA |
|
1436.41 |
| NA145016 (classified unknown) |
|
1454.42 |
| NA145015 |
|
1455.48 |
| Cysteamine (3TMS) |
Cysteamine |
1458.99 |
| NA |
|
1467.28 |
| Malic acid (3TMS) |
Malic acid |
1479.34 |
| Threitol (4TMS) |
Threitol |
1485.23 |
| Pentadecane, n- |
Pentadecane, n- |
1500.00 |
| Pyroglutamic acid (2TMS) |
Pyroglutamic acid |
1521.73 |
| Butanoic acid, 4-amino- (3TMS) |
Butyric acid, 4-amino- |
1527.46 |
| Glutamic acid (2TMS) |
Glutamic acid |
1528.20 |
| Erythronic acid (4TMS) |
Erythronic acid |
1528.59 |
| Threonic acid (4TMS) |
Threonic acid |
1545.94 |
| D155405 |
|
1554.13 |
| Phenylalanine (1TMS) |
Phenylalanine |
1556.05 |
| Benzoic acid, 4-hydroxy- (2TMS) |
Benzoic acid, 4-hydroxy- |
1633.29 |
| D164543 |
|
1645.42 |
| Asparagine (3TMS) |
Asparagine |
1666.44 |
| Siloxane |
Siloxane |
1685.56 |
| Glucose, 1,6-anhydro-, beta- (3TMS) |
Glucose, 1,6-anhydro, beta-D- |
1701.20 |
| Ribitol (5TMS) |
Ribitol |
1712.74 |
| NA |
|
1723.17 |
| NA174001 |
|
1732.08 |
| Putrescine (4TMS) |
Putrescine |
1736.70 |
| Aconitic acid, cis- (3TMS) |
cis-Aconitic acid |
1741.10 |
| NA176001 (classified unknown) |
|
1742.97 |
| NA |
|
1755.80 |
| Siloxane |
Siloxane |
1771.64 |
| NA180004 |
|
1776.31 |
| NA181001 |
|
1795.75 |
| Octadecane, n- |
Octadecane, n- |
1800.00 |
| Citric acid (4TMS) |
Citric acid |
1803.92 |
| NA |
|
1817.56 |
| Siloxane |
Siloxane |
1828.56 |
| Dehydroascorbic acid dimer (2MEOX) MP |
Dehydroascorbic acid |
1838.71 |
| Psicose (1MEOX) (5TMS) MP |
Psicose |
1849.82 |
| Fructose (1MEOX) (5TMS) MP |
Fructose |
1853.93 |
| NA |
|
1860.68 |
| Mannose (1MEOX) (5TMS) MP |
Mannose |
1868.46 |
| Galactose (1MEOX) (5TMS) MP |
Galactose |
1876.07 |
| Glucose (1MEOX) (5TMS) MP |
Glucose |
1880.50 |
| NA |
|
1895.60 |
| Nonadecane |
Nonadecane |
1900.00 |
| NA192001 (classified unknown) |
|
1915.94 |
| Sorbitol (6TMS) |
Sorbitol |
1919.74 |
| NA |
|
1956.57 |
| Siloxane |
Siloxane |
1975.67 |
| Galactonic acid (6TMS) |
Galactonic acid |
1980.49 |
| Gluconic acid (6TMS) |
Gluconic acid |
1984.52 |
| NA |
|
2019.51 |
| Hexadecanoic acid (1TMS) |
Palmitic acid |
2045.44 |
| Sinapic acid, cis- (2TMS) |
Sinapic acid, cis- |
2060.66 |
| Inositol, myo- (6TMS) |
myo-Inositol |
2080.20 |
| NA211001 |
|
2098.30 |
| Siloxane |
Siloxane |
2114.20 |
| Siloxane |
Siloxane |
2188.76 |
| Docosane, n- |
Docosane, n- |
2200.00 |
| Octadecanoic acid (1TMS) |
Stearic acid |
2243.49 |
| Spermidine (5TMS) |
Spermidine |
2251.32 |
| NA |
|
2265.18 |
| similar to Glycerolaldopyranosid (6TMS) |
|
2298.80 |
| Siloxane |
Siloxane |
2332.66 |
| NA |
|
2353.10 |
| NA |
|
2360.28 |
| Siloxane |
Siloxane |
2399.69 |
| Siloxane |
Siloxane |
2468.06 |
| NA |
|
2484.98 |
| NA |
|
2499.64 |
| NA |
|
2530.38 |
| Siloxane |
Siloxane |
2535.24 |
| NA |
|
2542.64 |
| NA |
|
2583.33 |
| Siloxane |
Siloxane |
2596.74 |
| D260482 |
|
2604.01 |
| Sucrose (8TMS) |
Sucrose |
2623.04 |
| Siloxane |
Siloxane |
2716.61 |
| Maltose (1MEOX) (8TMS) MP |
Maltose |
2719.80 |
| Trehalose, alpha,alpha'-, D- (8TMS) |
Trehalose, alpha,alpha'- |
2726.30 |
| NA |
|
2748.95 |
| NA |
|
2785.30 |
| D278931 |
|
2788.69 |
| Octacosane, n- |
Octacosane, n- |
2800.02 |
| D288804 |
|
2888.07 |
| NA |
|
2911.69 |
| Galactinol (9TMS) |
Galactinol |
2966.29 |
| NA |
|
2987.50 |
| NA |
|
2996.53 |
| NA |
|
3098.96 |
| Dotriacontane, n- |
Dotriacontane, n- |
3200.00 |
| Raffinose (11TMS) |
Raffinose |
3350.64 |
| Hexatriacontane, n- |
Hexatriacontane, n- |
3600.00 |
Hello,
ReplyDeleteI have run the 37 FAME Mix from Supelco on a Thermo GC-MS, using Rtx5-sil column, and wish to generate/ assign the Retention Indices to the FAMES using AMDIS or so ? How is it done to generate the .CAL file (from the .netCDF/ .raw files from Thermo with me!) so that I can compare and identify all my compounds run using same conditions (full-scan mode!).
Do I have to (a) search NIST first to assign RIs to these compounds based on their known RIs from similar columns such as DB5, HP5 etc, or
(b) I have to calculate them de novo to be able to identity and assign their RI, and use these values for "other compound" identifications ?, or,
(c) should I use the Hydrocarbon RI .CAL File inbuilt in AMDIS-NIST Library to first generate the RI for these FAMES, first ? But that is not comparable, right ?
Looking forward to your kind advice,
Thanks and regards,
Biswa
đồng tâm
ReplyDeletegame mu
cho thuê nhà trọ
cho thuê phòng trọ
nhac san cuc manh
số điện thoại tư vấn pháp luật miễn phí
văn phòng luật
tổng đài tư vấn pháp luật
dịch vụ thành lập công ty trọn gói
nước cờ trên bàn thương lượng
mbp
erg
nghịch lý
chi square test
nghệ thuật nói chuyện
coase
thuyết kỳ vọng
chiến thắng con quỷ trong bạn
cân bằng nash
Thái Chánh Dương cũng biết Triệu Quốc Đống nói là thật, chỉ là tình hình này cũng không phải một hai ngày thay đổi được. Thói quen làm việc đã ăn sâu vào suy nghĩ trong lòng mọi người. Bất cứ quá trình phê duyệt nào đều cần có một thời gian mới được. Bọn họ đúng là không quen với hiệu suất làm việc nhanh chóng của quốc tế.
Triệu Quốc Đống cũng quen với tính cách của Thái Chánh Dương. Hắn thấy Thái Chánh Dương trầm ngâm thì biết đối phương có việc khó giải quyết. Nếu không cũng không cần gọi hắn vào lâu như vậy mà chưa nhắc tới.
- Thái ca, có phải có việc không?
- Ừ, có một việc.
Thái Chánh Dương gật đầu nói:
- Hôm nay Chủ tịch Tần nói chuyện với anh về Phòng cao tốc. Chú cũng biết Phòng cao tốc chỉ là đơn vị quá độ, cấp bậc thấp. Khi việc xây dựng đường cao tốc của tỉnh ta phát triển, thành lập công ty khai thác đường cao tốc là nhất định, cấp bậc sẽ là cấp cục, trực thuộc sở quản lý.
Nhanh như vậy đã thành lập công ty?
Suy nghĩ đến tình hình hiện nay, Triệu Quốc Đống gật đầu. Hắn biết Thái Chánh Dương đang khó xử vì việc này. Hắn mới là phó phòng, đến Sở Giao thông đã là quá chói mắt. Mục đích của công ty khai thác đường cao tốc là gì thì ai cũng biết. Không nói là đơn vị cấp huyện, dù là cấp phó huyện cũng đủ làm bao người thèm muốn.
Không phải người của Thái Chánh Dương không thể ngồi vào vị trí giám đốc công ty. Nhưng mà người của Thái Chánh Dương chưa chắc đã có thể ngồi ổn ở vị trí này. Trong đó dính dáng quá nhiều lợi ích, công ty khai thác đường cao tốc về sau liên lụy tới khối lượng công trình quá lớn.